Centre Spatial de Science. Les scientifiques découvrent que l'énergie du bébé Metroid, ramené par Samus de SR388, pourrait avoir des conséquences bénéfiques sur l'espère humaine. Ils évoquent même que les Metroids auraient pu être créé dans un premier temps pour la paix. Alors que le calme semblait revenu, Samus reçoit un nouvel appel de détresse du Centre. Arrivée sur les lieux, elle découvre des bâtiments en ruine et aucune trace de la larve Metroid. Elle découvre rapidement que les pirates de l'espace, avec à leur tête Ridley, sont de retour. Avec le Matroid entre leurs mains, ils comptent bien s'en servir pour enfin terminer le plan que Samus avait déjoué quelques temps plus tôt. De retour sur une planète Zebes reconstruite, Samus Aran se prépare à affronter une nouvelle menace...
Le meilleur épisode de ce qui était alors une trilogie. L'épisode Super Nintendo utilise bien évidemment la puissance de la machine pour des mondes encore plus vastes et des monstres encores plus gros. Les références aux épisodes précédents sont nombreux. Le joueur retrouvait des armes connues ainsi que de nouveaux bonus. Bref, Super Metroid ne dépaysait personne tout en ajoutant d'avantage d'actions, de suspense et d'exploration.